黑杰克，本名间黑男。从小父母离异，留下母亲独自照顾他。某日与母出游，因为工程商的人为疏失，导致母子误踩未爆弹引起爆炸。母亲送医后不治，他也受重伤濒临死亡。幸亏本间丈太郎医师的高明医术救活了他。当下，他立下了两个志愿：成为像本间医师一样的一流外科医师与报复杀死母亲的工程商……

21-01 医师执照重回之日/医师执照返回之日 内田裕21-02 BJ与父亲的再见面/父亲再相见 濑谷新二 神村幸子21-03 悲伤的皮诺可 齐藤圭太、筱原隆 西田正义21-04 北欧的黑色天使/北欧的天使 杉野昭夫21-05 机器人手臂/机器手腕 金子匡邦 濑谷新二21-06 空中医院/飞在空中的医院 中川航21-07 百亿元的生命约定/一百亿日圆生命的缔约 片山美雪21-08 65年后的觉醒/六十五年后的苏醒 濑谷新二21-09 心的刻印/刻在心脏上的记号 杉野昭夫21-10 纽约的奇迹 内田裕21-11 黑暗医师的宿命/黑市医生的宿命 片山美雪21-12 极光的彼方/在极光的彼岸 中川航21-13 皮诺可，回日本去/皮诺可你给我回日本去 齐藤圭太、筱原隆 西田正义21-14 恐怖的菲尼克斯病/恐怖的PHOENIX病 松田芳明、安藤干彦 濑谷新二21-15 BJ父亲的真实 杉野昭夫21-16 往破灭的挑战/对灭亡的挑战 内田裕21-17 生命的尊严 片山美雪

1996年全球陷入奥林匹克的狂热中。田径场上、泳池边等等10种以上的竞技，创下一个接着一个的世界纪录。人人疯狂的传递这些消息、这些创下远超过人类的常识范围的记录的选手，被称赞为「超人类」。这时，没有医生执照的黑杰克的电话录音机里，常常听见既未留下性名也未告知病状的女生留言：请务必与我连络，我会为医生准备好空白支票。我的电话号码是…..两年后，「超人类」的出现不仅只限于体育界，音乐、绘画、文学、乃至于物理、科学遍布各个领域，持续于日常生活的话题中独占遨头。而这些消息也传到对世事向来漠不关心的怪医黑杰克的耳中。此时，接到从伦敦郊外打来的国际电话。这名女子叫乔‧凯洛儿。她是圣‧乔爱儿研究中心的主任研究员。她也是那通电话的委托人。乔拜托黑杰克对圣‧乔爱儿研究中心协助帮忙，但总觉得有其中危险四伏的黑杰克断然拒绝了，可是助手贝贝被他们抓去当人质作为要挟，没办法只有妥协接受了。大规模买地的圣‧乔爱儿研究中心收容因不明原因发病的「超人类」的病患。然而，发病的这些人半数以上全都身亡。之后，聪明的黑杰克便查出了哪里有问题，从病者的症状中，黑杰克有了初步的假设。从脑下垂体分泌的贺尔蒙-被称为脑内麻药，这种贺尔蒙如果大量分泌的话，会完全的增加集中力、发挥高度的能力。这是因基于某种理由被贺尔蒙异常地持续分泌。全世界被认定为「超人类」的共有1230位。于是，乔‧凯洛儿便买了一甁酒庆祝，但，黑杰克却不知道红酒里，乔‧凯洛儿加了超人类病患的原缩液!

外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手小女孩皮诺可的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去。