20世纪20年代，时局动荡，天下大乱，华夏大地无有一片宁静之所。时群雄并起，军阀混战。军阀少帅侯杰（刘德华 饰）纵横捭阖，骄横跋扈，视平民如草芥，却难逃自身劫数。正所谓城头变换大王旗，侯杰转眼间辉煌不在，副官曹蛮（谢霆锋 饰）伺机上位、妻子颜夕（范冰冰 饰）离去、女儿身亡，种种打击令这个昔日的乱世修罗万念俱灰。落魄至少林寺期间，侯杰先后结识悟道（成龙 饰）、净能（吴京 饰）、净海（余少群 饰）等净空（释延能 饰）等僧众，并慢慢领悟了宿世的罪障因果，遂放下贪嗔痴慢疑之心，诚心向佛。与此同时，更大的磨难正向少林袭来…… 少林寺住持释永信担任该片监制。

隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则（于承惠）在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远（李连杰）”。 王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕（丁岚）后垂涎其美色，强行将其抢回府并欲酒后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。

雍正为了消灭所有反对势力，决定毁灭反清复明的重要据点--少林寺。寺庙被大炮摧毁，幸存的106名少林弟子发誓渗透到皇宫而最终杀死暴君

二十年前，通天教主应天生因作恶多端被各大门派掌门围攻至死但元神不散，少林方丈将其收入宝盒放入少林寺塔顶。二十年后，少林弟子无花打扫塔顶被元神复生后下落不明，十年后，无花长大成人重出江湖发誓报三十年前之仇，先后杀死少林方丈与天山二老。江湖一片恐慌，均怀疑是应天生之弟马王庄庄主应天寿所为，吉天祥为调查真相夜闯马王庄，被应天寿之女应彩凤所救，应彩凤对吉天祥一见钟情