“精灵宝可梦”（台译“神奇宝贝”）是生活在这个星球上的不可思议的生物。立志成为精灵宝可梦大师的小智和皮卡丘一起踏上了冒险的旅途。在全新的冒险舞台——“合众地区”（台译“合众地方”），小智和皮卡丘邂逅了新的伙伴艾莉丝、天桐。他们为了追寻各自的梦想，与各种各样的精灵宝可梦一起，即将展开一场令人期待的冒险旅程。

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在大气层的天空神奇宝贝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心。小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全复原，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。双方的大战一触即发....

在很久很久以前，還沒有精靈球的時代，有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，為了阻止大戰，藉著波導的力量努力讓戰爭平息，人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。百年之後，小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城，參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典。小智在對戰中贏得了勝利，被封上「波導的勇者」的稱號，並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利。就在舉行盛大的慶典之時，被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒，並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密！？另一方面，奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然現身，並且帶走皮卡丘和喵喵。小智為了尋找皮卡丘，在路卡利歐的帶路下，向「世界初始之樹」前進。在神祕的「世界初始之樹」下究竟隱藏著什麼謎團？皮卡丘被夢幻帶到哪裡去了？傳說中的勇者亞朗和路卡利歐「波導傳說」的秘密到底是什麼？

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....

在地下深处，存在一个美丽的国家“钻石矿国”，有“宝石宝可梦”之称的小碎钻们在这里和平生活。存在于这个国家的巨大钻石“圣洁钻石”，长期以来作为重要的能量源泉，一直发挥着维持矿国一切活动的作用，但如今它的生命即将耗尽。这样下去这个美丽的矿国将会灭亡！就在这样的背景下，蒂安希遇到了小智和皮卡丘。为了寻求神圣之力，他们踏上了寻找“生命宝可梦”哲尔尼亚斯的旅程。在这段旅途的前方，等待着他们的有盯上蒂安希的盗贼们，还有曾经令卡洛斯地区所有生命灭亡的“破坏宝可梦”伊裴尔塔尔的沉睡之茧——究竟蒂安希最终能否拯救自己的国家呢？另一方面，小智与皮卡丘的命运将会是！？

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两大神的争斗场所于是转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？激烈的时空对决即将展开！

“破格的世界”…是在这个世界的另一个次元，如镜子般事物皆呈反向的不可思议的世界，同时也是骑拉帝纳栖息的空间。由于帝牙卢卡与帕路奇犽的一场时空之战，让反转世界因此受到影响，为此愤怒的骑拉帝纳开始寻找罪魁祸首的帝牙卢卡，并打算将他拉入反转世界里。某天，属性为“感谢”的神奇宝贝“洁咪”，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的神奇宝贝们的对战结果又会是！？洁咪的真正的力量又是！？小智一行人是否能阻止杰洛的阴谋，拯救这个世界呢！？最后的高潮，将会是超乎你所想像的“美丽奇迹”！

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。索罗亚还会心电感应，为了帮助同伴，它告诉小智它也要前往王冠市。小智们决定要栛助索罗亚，一起结伴同行。另一方面，幻之宝可梦雪拉比在相隔20年再度现身王冠市的同时，王冠市却发生了一起奇妙的事件。原本应该是这座城市的守护神－传说的宝可梦雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破坏。原来这个事件的背后，隠藏著大企业的社长克林克斯·寇泰的邪恶计划。从前，曾经利用雪拉比的神秘力量获得财富与权力的寇泰，为了再度取得这个力量，他故意制造王冠市的混乱，好让雪拉比掉入他的圈套。而变身为传说的宝可梦引起暴动的，是能够操控幻影的神奇宝贝“索罗亚克”。然而，索罗亚克竟然是索罗亚正打算前往栛助的同伴！而利用索罗亚克变出的幻影，寇泰则不停地追逐著雪拉比。再这样下去，雪拉比和王冠市真的很危险！小智们将为此展开行动…。雪拉比拥有的秘密力量是什么呢？雪拉比和王冠市的命运将会如何呢？索罗亚能够平安拯救..

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧交，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强行带走。得知整件事情的经过后，小智等人于是并决定前往结晶塔，救出小智的妈妈，并让小美脱离那里.....

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。

小智与皮卡丘小智一行人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

神奇宝贝2013年新剧场版标题正式定名为《神速的灭世虫》，并预定于2013年7月13日上映，届时，附加短篇《皮卡丘与伊布好朋友》也会同时公开。　　本次即将与明年7月上映的剧场版是《宠物小精灵》系列的第16部剧场版动画，上一部作品名为《宠物小精灵 Best Wishes 酋雷姆VS圣剑士》，而新作则是以被真红之铠包裹着，曾在3亿年前被等离子团改造了的口袋妖怪盖诺赛特为主角，在特报中登场的正是被称为“神速的灭世虫”(又译：盖诺赛特)的口袋妖怪，它比平常的盖诺赛特行动更快速，能力更强劲！尤其是在“高速飞行行态”下时，更是为神速！而剧场版中它将如何活跃，又会与小智一行展开怎样的互动呢？让我们拭目以待！

《宠物小精灵》又名《口袋妖怪》，主角小智和皮卡丘是日本家喻户晓的国民级动画人物。《宠物小精灵》日文原名为ポケットモンスター，英文Pocket Monsters的音译。最初其为日本任天堂游戏公司开发的一款人类和这个世界上的一种特殊生物一起冒险、生活的游戏。后来东京电视台制作了以游戏为蓝本的动画。该作剧场版于1998年开始时上映，每年推出一部，2011年则跟随对应的游戏黑与白的脚步则是一举推出了两部剧

小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔，她能和水中的口袋怪兽交流。小智他们从广美那里听说，大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”，里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时，传说中的口袋怪兽援助员杰克突然出现，他肩负着将一枚名为苍海王子的蛋送往海之神殿的任务，小智和朋友们加入了杰克的队伍，帮助他完成任务。然而，野心勃勃妄图获得海之王冠的海盗们却挡在了他们的面前，想要抢走苍海王子之蛋。小智和朋友们与海盗头子展开了一场大战……

在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。 小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！